《潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季》核心探讨了潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季与影片之间的永恒冲突。影片通过象征手法，展现现代社会中的生存状态。

影视评论家指出："导演在主题的处理上达到了新的高度，特别是潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季场景的隐喻运用"。

导演的主题处理让观众对影片内涵有了全新认识。
— 李华，影视评论家

《潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季》在叙事手法上突破了传统日剧的局限，特别是潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季场景的处理展现了导演的独特视角。

— 张艺影视，中国电影评论学会理事

潘多拉的果实~科学犯罪搜查档案~ 第二季8.0