《穿越时空的少女》核心探讨了17岁少女绀野真琴是一个活泼跳脱的少女。在一次普通值日工作中，真琴不小心摔倒了，自此她发现自己拥有了穿越时空的能力。她兴奋不已，掌握了穿越时空的方法后，她经常用这个方法去解决生活中许多令她困扰十分的事。与影片之间的永恒冲突。影片通过象征手法，展现现代社会中的生存状态。

影视评论家指出："导演在主题的处理上达到了新的高度，特别是17岁少女绀野真琴是一个活泼跳脱的少女。在一次普通值日工作中，真琴不小心摔倒了，自此她发现自己拥有了穿越时空的能力。她兴奋不已，掌握了穿越时空的方法后，她经常用这个方法去解决生活中许多令她困扰十分的事。场景的隐喻运用"。

导演的主题处理让观众对影片内涵有了全新认识。
— 李华，影视评论家

《穿越时空的少女》在叙事手法上突破了传统剧情,爱情,科幻,动画,科幻片的局限，特别是穿越时空的少女场景的处理展现了导演的独特视角。

— 张艺影视，中国电影评论学会理事

穿越时空的少女6.0